Nació en Benavente en Zamora, a los diecisiete años de edad ingresó en la orden Franciscana y adoptó el nombre de Toribio de Benavente, por ser el lugar donde se encontraba su convento.

Fray Martín de Valencia sería el encargado de encabezar una expedición evangelizadora en el Nuevo Mundo, y eligió a los frailes que le acompañarían en la misión. Éste eligió a once compañeros, entre ellos a Fray Toribio de Benavente; los otros diez fueron: Fray Francisco de Soto, Fray Martín de Jesús, Fray Juan Suarez, Fray Antonio de ciudad Rodrigo, Fray Garcia de Cisneros, Fray Luis de Fuensalida, Fray Juan de Ribas, Fray Francisco Ximenez y los Legos: Fray Andrés de Córdoba y Fray Juan de Palos. Como eran doce, se les conoció como los Doce Apóstoles de Méjico.

Los indígenas llamaban a Fray Toribio de Benavente con el nombre Motolinia, que en el lenguaje indígena significaba, el pobrecito, porque todo lo que pedía lo entregaba a los indígenas quedándose muchas veces sin comer. Lucia hábitos rotos y siempre andaba descalzo llegando los indígenas a tenerle en gran estima por lo mucho que por ellos hacia.
Fue uno de los primeros misioneros en ir a Méjico, ya antes en 1523 habían arribado tres franciscanos flamencos: Fray Juan de Tecto, Fray Juan de Aora y Fray Pedro de Mura (conocido por fray Pedro de Gante) y otros misioneros.

Los doce apóstoles franciscanos partieron de Sanlúcar de Barrameda, el 25 de enero de 1524. Ocupó puestos de relevancia dentro de la orden aunque siempre mantuvo una vida muy humilde y austera, siendo el último sobreviviente de los Doce apóstoles y el más notable de ellos. Murió en Méjico en el convento de San Francisco.