Navegante y explorador, nació en Palos de Moguer en 1468.

Después de haber navegado por la costa africana embarcó con Cristóbal Colón en 1492 como piloto de la carabela la Niña, participó también en el segundo y tercer viaje Colombino, para regresar inmediatamente.

Entre 1495 y 1496 capitaneó varias embarcaciones dirigidas a las Indias, y recibió el título de piloto mayor de las Indias.

En junio de 1499 partió de Sanlúcar cuando empezaron los viajes de particulares a Indias, Pedro Alonso Niño y Cristóbal Guerra comerciante de Sevilla, emprendieron viaje a la costa de las perlas con una carabela y 30 hombres. Siguiendo la ruta de Colón, llegaron a Venezuela y a isla Margarita, donde cargaron perlas "como si fuera paja", según Pedro Mártir de Anglería

En 1500 regresaron a España arribando a algún puerto gallego. Allí quedó preso Pedro Alonso Niño, acusado de haber defraudado a los Reyes siendo liberado con posterioridad.

En 1502 Niño vuelve al Nuevo Mundo como piloto de la armada que llevó al nuevo Gobernador de las Indias Nicolás de Ovando, partiendo de Sanlúcar el 13 de febrero.