Juez pesquisidor y gobernador de las Indias nacido a mitad del siglo XV, fue mandado por los Reyes Católicos a la isla de La Española, apresando a la familia Colón y mandándolos a España cargado de cadenas.

Las noticias llegadas de La Española, del descontento de colonos e indígenas, y actuaciones poco convincentes y desleales de los Colón, en relación a la ocultación de oro y perlas, hicieron que los Reyes destituyeran a Colón. El 21 de mayo de 1499 los monarcas nombrarían a Francisco de Bobadilla gobernador de las Indias, saliendo de Sanlúcar, el 23 de agosto de 1500.

Bobadilla llegó a Santo Domingo con varias carabelas, unos 500 hombres. Al llegar, mando llamar a Diego y Bartolomé Colón, hermanos de Cristóbal, que se encontraban en la Vega Real, y en Jaragua, combatiendo la rebelión de los españoles. Cristóbal seria apresado mas tarde, cargados de cadenas serian enviados a España a primeros de octubre de 1500, llegando a Sanlúcar en noviembre, los Reyes no aprobaron la forma de actuar de Bobadilla.

Poco tiempo después serian liberados y devueltos sus privilegios, siendo Bobadilla, sustituido por Nicolás de Ovando.

De regreso a España en junio de 1502, con una gran flota y un gran tesoro, como consecuencia de un huracán sus naves fueron destruidas por el mar y todos muertos y desaparecidos.